Les écoles doctorales près le F.R.S.-FNRS (Graduate Colleges) sont inter-universitaires.
- Ecole doctorale en philosophie
- Ecole doctorale en théologie
- Ecole doctorale en langues, lettres et traductologie
- Ecole doctorale en histoire, histoire de l'art et archéologie
- Ecole doctorale en art de bâtir et urbanisme
- Ecole doctorale en information et communication
- Ecole doctorale en sciences politiques et sociales
- Ecole doctorale en sciences juridiques
- Ecole doctorale en criminologie
- Ecole doctorale en sciences économiques et de gestion
- Ecole doctorale en sciences psychologiques et de l'éducation
- Ecole doctorale en sciences médicales
- Ecole doctorale en sciences de la santé publique
- Ecole doctorale en sciences vétérinaires
- Ecole doctorale en sciences dentaires
- Ecole doctorale en sciences biomédicales et pharmaceutiques
- Ecole doctorale en sciences de la motricité
- Ecole doctorale en sciences
- Ecole doctorale en sciences agronomiques et ingénierie biologique
- Ecole doctorale en sciences de l'ingénieur et technologie
- Ecole doctorale en art et sciences de l'art
- Ecole doctorale en Arts du spectacle et technique de diffusion et de communication
Chaque école doctorale près le F.R.S.-FNRS (Graduate College) est placée sous la responsabilité d'un "conseil scientifique" (Règlement organique - ED).
Les membres de ce conseil sont désignés par le CA du F.R.S.-FNRS sur proposition des recteurs.
Chaque institution universitaire habilitée dans le domaine au sens du décret doit être représentée par un membre.
Les écoles doctorales près le F.R.S.-FNRS (Graduate Colleges) soumettent un rapport annuel via la plateforme électronique du F.R.S.-FNRS E-Space pour le 31 mars au plus tard.